Hydra entstand während des Zweiten Weltkrieges unter der Führung von Johann Schmidt. Ursprünglich als Teil des nationalsozialistischen Machtapparates, spaltete sich Hydra schnell ab in eine eigenständige Organisation, deren Ziele weit über die des Nazi-Regimes hinausreichten. Mithilfe des Tesserakts und Wissenschaftlern wie Armin Zola, arbeitete Hydra an Waffen, menschlicher Weiterentwicklung und einer Zukunft, die durch absolute Kontrolle wahre Freiheit erfahren sollte. Die Niederlage Deutschlands bedeutete für Hydra nicht das Ende. Im Zuge des Project Paperclip gelang es Zola gemeinsam mit weiteren Mitgliedern Hydras, innerhalb der neu gegründeten Organisation S.H.I.E.L.D Wurzeln zu schlagen. Dort wuchs Hydra über Jahrzehnte hinweg weiter, bis sie 2014 von Steve Rogers und seinen Verbündeten offengelegt wurde. Mit dem Fall von S.H.I.E.L.D. verlor Hydra einen Großteil ihrer Führung, Infrastruktur und ihres politischen Einflusses. Vereinzelte Zellen bestanden jedoch weiterhin, darunter auch der Zweig unter der Leitung von Wolfgang von Strucker, der seinen Fokus auf genetische Forschung, außerirdische Technologie und die Erschaffung verbesserter Menschen legte. Nach Struckers Tod 2015 und zunehmender Zerschlagung der verbleibenden Hydra-Strukturen, zerfiel die Organisation schließlich in voneinander unabhängige Projekte, Anhänger und disorganisierte Gruppen. Diese Zersplitterung sicherte aber Hydras überleben.
Nachdem der Blip 2018 die bestehenden Machtstrukturen weltweit erschütterte, begannen Andrea und Andreas von Strucker ein Jahr später damit, alte Kontakte wieder aufzunehmen und aus den verbliebenen Teilen etwas Neues entstehen zu lassen. Alles unter einem neuen Konzept. Hydra solle keine neue Zentrale haben, keine einzelne Befehlskette und keine Armeen, deren Fall die gesamte Organisation mit sich reißen konnte. Stattdessen entstand ein System aus voneinander abgeschotteten Knotenpunkten, Zellen, Projekten und Einflussbereichen, die in Forschung, Wirtschaft, Politik und dem kriminellen Untergrund angesiedelt sind.
Auch die Vorstellung von Kontrolle hat sich unter der neuen Führung geändert. Statt ganze Institutionen offen zu übernehmen, versucht die Organisation vor allem, durch Abhängigkeiten, Informationen und Zugang Kontrolle zu gewinnen. Geld, Technologie, Forschung, politische Kontakte, sichere Orte und Schmuggelwege sind genauso wertvoll wie eine eigene Streitmacht. So besitzt Hydra heute bereits spürbaren Einfluss in einzelnen Städten, Regionen und Teilen des Schwarzmarktes, ohne diese vollständig beherrschen zu müssen. Es reicht oft bereits zu wissen, wer mit wem handelt oder wer Schulden bei wem hat. Die Strucker-Zwillinge bilden dabei zwar den strategischen Mittelpunkt des Systems, bestimmen aber nicht jede einzelne Bewerbung selbst. Hydra möchte nicht länger sichtbar herrschen. Es reicht ihnen, wenn alle Entscheidungen in ihrem Sinne getroffen werden.
" Cut off one head, two more shall take its place. "